MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 1103

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012226	TTAT	2	8	1117	1124	25 %	75 %	0 %	0 %	225350701
2	NC_012226	T	6	6	1124	1129	0 %	100 %	0 %	0 %	225350701
3	NC_012226	T	7	7	1148	1154	0 %	100 %	0 %	0 %	225350701
4	NC_012226	TAA	2	6	1261	1266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
5	NC_012226	T	7	7	1271	1277	0 %	100 %	0 %	0 %	225350701
6	NC_012226	TTCT	2	8	1306	1313	0 %	75 %	0 %	25 %	225350701
7	NC_012226	CTC	2	6	1327	1332	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225350701
8	NC_012226	ATTA	2	8	1340	1347	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
9	NC_012226	TAT	2	6	1363	1368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
10	NC_012226	ATT	2	6	1383	1388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
11	NC_012226	AT	3	6	1407	1412	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
12	NC_012226	ATT	2	6	1457	1462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
13	NC_012226	GTCTCT	2	12	1504	1515	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	225350701
14	NC_012226	A	6	6	1529	1534	100 %	0 %	0 %	0 %	225350701
15	NC_012226	TAT	2	6	1555	1560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
16	NC_012226	TTA	2	6	1566	1571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
17	NC_012226	TTC	2	6	1586	1591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350701
18	NC_012226	T	7	7	1598	1604	0 %	100 %	0 %	0 %	225350701
19	NC_012226	TGA	2	6	1688	1693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350701
20	NC_012226	AT	3	6	1738	1743	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
21	NC_012226	CTA	2	6	1753	1758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350701
22	NC_012226	TAT	3	9	1759	1767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
23	NC_012226	TA	3	6	1769	1774	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
24	NC_012226	CTC	2	6	1804	1809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225350701
25	NC_012226	TAT	2	6	1843	1848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
26	NC_012226	T	8	8	1858	1865	0 %	100 %	0 %	0 %	225350701
27	NC_012226	TAA	2	6	1880	1885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
28	NC_012226	AGA	2	6	1897	1902	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350701
29	NC_012226	TAT	2	6	1912	1917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
30	NC_012226	ATT	2	6	1922	1927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
31	NC_012226	T	6	6	1926	1931	0 %	100 %	0 %	0 %	225350701
32	NC_012226	ATT	2	6	1934	1939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
33	NC_012226	TTA	2	6	1945	1950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
34	NC_012226	TAA	2	6	2009	2014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
35	NC_012226	TAA	2	6	2021	2026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
36	NC_012226	TAA	2	6	2057	2062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
37	NC_012226	CTA	2	6	2076	2081	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350702
38	NC_012226	T	7	7	2082	2088	0 %	100 %	0 %	0 %	225350702
39	NC_012226	T	6	6	2116	2121	0 %	100 %	0 %	0 %	225350702
40	NC_012226	A	6	6	2128	2133	100 %	0 %	0 %	0 %	225350702
41	NC_012226	ATT	2	6	2140	2145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
42	NC_012226	TAT	2	6	2190	2195	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
43	NC_012226	ATA	2	6	2202	2207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350702
44	NC_012226	T	6	6	2243	2248	0 %	100 %	0 %	0 %	225350702
45	NC_012226	ACC	2	6	2256	2261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	225350702
46	NC_012226	TTA	2	6	2291	2296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
47	NC_012226	TA	4	8	2304	2311	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
48	NC_012226	TCT	2	6	2351	2356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
49	NC_012226	TAT	2	6	2400	2405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
50	NC_012226	TTC	2	6	2425	2430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
51	NC_012226	AT	3	6	2466	2471	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
52	NC_012226	TAAA	2	8	2499	2506	75 %	25 %	0 %	0 %	225350702
53	NC_012226	TA	3	6	2536	2541	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
54	NC_012226	ATT	2	6	2557	2562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
55	NC_012226	TAT	2	6	2595	2600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
56	NC_012226	TTC	2	6	2617	2622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
57	NC_012226	TAT	2	6	2638	2643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
58	NC_012226	T	9	9	2658	2666	0 %	100 %	0 %	0 %	225350702
59	NC_012226	TCA	2	6	2681	2686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350702
60	NC_012226	ATT	2	6	2710	2715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
61	NC_012226	TA	3	6	2716	2721	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
62	NC_012226	TAA	2	6	2730	2735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350702
63	NC_012226	T	6	6	2773	2778	0 %	100 %	0 %	0 %	225350702
64	NC_012226	ATTT	2	8	2787	2794	25 %	75 %	0 %	0 %	225350702
65	NC_012226	ATT	2	6	2807	2812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
66	NC_012226	T	7	7	2815	2821	0 %	100 %	0 %	0 %	225350702
67	NC_012226	TA	3	6	2842	2847	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
68	NC_012226	TTC	2	6	2854	2859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
69	NC_012226	TGT	2	6	2874	2879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225350702
70	NC_012226	TTC	2	6	2884	2889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
71	NC_012226	A	6	6	2903	2908	100 %	0 %	0 %	0 %	225350702
72	NC_012226	TCT	2	6	2923	2928	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
73	NC_012226	ATTT	2	8	2955	2962	25 %	75 %	0 %	0 %	225350702
74	NC_012226	TA	3	6	3022	3027	50 %	50 %	0 %	0 %	225350703
75	NC_012226	TAA	2	6	3031	3036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
76	NC_012226	AAAATT	2	12	3037	3048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
77	NC_012226	ATG	2	6	3054	3059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350703
78	NC_012226	TTA	2	6	3101	3106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
79	NC_012226	A	6	6	3106	3111	100 %	0 %	0 %	0 %	225350703
80	NC_012226	AGA	2	6	3151	3156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350703
81	NC_012226	T	6	6	3169	3174	0 %	100 %	0 %	0 %	225350703
82	NC_012226	AAT	2	6	3178	3183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
83	NC_012226	TAT	2	6	3225	3230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
84	NC_012226	TAA	2	6	3255	3260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
85	NC_012226	TTA	2	6	3303	3308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
86	NC_012226	AT	3	6	3319	3324	50 %	50 %	0 %	0 %	225350703
87	NC_012226	AAAG	2	8	3346	3353	75 %	0 %	25 %	0 %	225350703
88	NC_012226	A	6	6	3362	3367	100 %	0 %	0 %	0 %	225350703
89	NC_012226	TAA	2	6	3388	3393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
90	NC_012226	ACT	2	6	3404	3409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350703
91	NC_012226	ATT	2	6	3412	3417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
92	NC_012226	ATC	2	6	3418	3423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350703
93	NC_012226	AGA	2	6	3442	3447	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350703
94	NC_012226	A	6	6	3452	3457	100 %	0 %	0 %	0 %	225350703
95	NC_012226	AATTA	2	10	3466	3475	60 %	40 %	0 %	0 %	225350703
96	NC_012226	TAG	2	6	3484	3489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350703
97	NC_012226	TAA	3	9	3516	3524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
98	NC_012226	T	7	7	3541	3547	0 %	100 %	0 %	0 %	225350703
99	NC_012226	AAT	2	6	3570	3575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
100	NC_012226	AATA	2	8	3580	3587	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
101	NC_012226	CTT	2	6	3588	3593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350703
102	NC_012226	T	7	7	3592	3598	0 %	100 %	0 %	0 %	225350703
103	NC_012226	GAAAT	2	10	3602	3611	60 %	20 %	20 %	0 %	225350703
104	NC_012226	TCT	2	6	3641	3646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350703
105	NC_012226	AT	3	6	3666	3671	50 %	50 %	0 %	0 %	225350703
106	NC_012226	TTA	2	6	3692	3697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
107	NC_012226	ATTAT	2	10	3698	3707	40 %	60 %	0 %	0 %	225350703
108	NC_012226	TAAA	2	8	3714	3721	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
109	NC_012226	AAT	2	6	3753	3758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
110	NC_012226	TAA	2	6	3769	3774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
111	NC_012226	ATT	2	6	3775	3780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
112	NC_012226	TTC	2	6	3826	3831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350703
113	NC_012226	ATA	2	6	3845	3850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
114	NC_012226	AAT	2	6	3858	3863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
115	NC_012226	ATTC	2	8	3879	3886	25 %	50 %	0 %	25 %	225350703
116	NC_012226	TCAT	2	8	3887	3894	25 %	50 %	0 %	25 %	225350703
117	NC_012226	ATAA	2	8	3910	3917	75 %	25 %	0 %	0 %	225350703
118	NC_012226	T	7	7	3928	3934	0 %	100 %	0 %	0 %	225350703
119	NC_012226	A	6	6	3948	3953	100 %	0 %	0 %	0 %	225350703
120	NC_012226	ATC	2	6	3961	3966	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350703
121	NC_012226	AAT	2	6	3995	4000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
122	NC_012226	T	6	6	4014	4019	0 %	100 %	0 %	0 %	225350703
123	NC_012226	ATT	2	6	4063	4068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
124	NC_012226	ATAA	2	8	4085	4092	75 %	25 %	0 %	0 %	225350704
125	NC_012226	AT	3	6	4133	4138	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
126	NC_012226	AT	3	6	4169	4174	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
127	NC_012226	T	7	7	4200	4206	0 %	100 %	0 %	0 %	225350704
128	NC_012226	TCA	2	6	4228	4233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350704
129	NC_012226	TAT	2	6	4247	4252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
130	NC_012226	TTAT	2	8	4267	4274	25 %	75 %	0 %	0 %	225350704
131	NC_012226	AAATTT	2	12	4278	4289	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
132	NC_012226	ATA	2	6	4309	4314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
133	NC_012226	ATT	2	6	4318	4323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
134	NC_012226	TTTAAA	2	12	4387	4398	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
135	NC_012226	ATTT	2	8	4493	4500	25 %	75 %	0 %	0 %	225350704
136	NC_012226	AAT	3	9	4501	4509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
137	NC_012226	ATG	2	6	4515	4520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350704
138	NC_012226	ATC	2	6	4524	4529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350704
139	NC_012226	TA	4	8	4536	4543	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
140	NC_012226	AT	3	6	4544	4549	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
141	NC_012226	AAAT	2	8	4554	4561	75 %	25 %	0 %	0 %	225350704
142	NC_012226	AAT	3	9	4559	4567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
143	NC_012226	GAG	2	6	4574	4579	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	225350704
144	NC_012226	ATA	2	6	4582	4587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
145	NC_012226	TAAAA	2	10	4602	4611	80 %	20 %	0 %	0 %	225350704
146	NC_012226	AT	3	6	4619	4624	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
147	NC_012226	CTT	2	6	4634	4639	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350704
148	NC_012226	CATT	2	8	4672	4679	25 %	50 %	0 %	25 %	225350704
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151	NC_012226	ATT	2	6	4746	4751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
152	NC_012226	CTA	2	6	4793	4798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350704
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157	NC_012226	TAA	2	6	4922	4927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
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173	NC_012226	T	6	6	5311	5316	0 %	100 %	0 %	0 %	225350705
174	NC_012226	TTAT	2	8	5318	5325	25 %	75 %	0 %	0 %	225350705
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183	NC_012226	TAA	2	6	5659	5664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
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264	NC_012226	TATAA	2	10	8047	8056	60 %	40 %	0 %	0 %	225350706
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270	NC_012226	TTA	2	6	8290	8295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350706
271	NC_012226	TTTAG	2	10	8299	8308	20 %	60 %	20 %	0 %	225350706
272	NC_012226	AT	4	8	8325	8332	50 %	50 %	0 %	0 %	225350706
273	NC_012226	TATT	2	8	8375	8382	25 %	75 %	0 %	0 %	225350706
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